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Projektbeschreibung TP17

Bild Projektleiter

Projektleiter

Prof. Dr. med. Dag Harmsen
Universitätsklinikum Münster
Poliklinik für Parodontologie

Von den Daten zum Wissen: Data-Warehouse für lebensmittel-bedingte zoonotische Infektionen

Nachdem in der ersten Förderphase der Hauptschwerpunkt auf der Entwicklung und Etablierung eines Data-Warehouse mit Basisfunktionalität (MLST, SLST) gelegen hat, soll daran anknüpfend in der zweiten Förderphase die Funktionalität und Nachhaltigkeit des Systems gezielt ausgebaut werden. „Next Generation Sequencing“ (NGS) bietet neue Chancen und Herausforderungen auch an die Typisierung von Bakterien im „public health“ Umfeld. Zwar sind die Kosten bei den momentan zum Einsatz kommenden „second generation sequencing“ (2GS) Systemen für einen Routineeinsatz noch zu hoch, aber bereits mit der in Kürze erwarteten Verfügbarkeit von 3GS Systemen dürfte die Preise weiter drastisch fallen. Einmal mehr wird die Informationstechnologie zum Flaschenhals bei der Analyse der immensen anfallenden Datenmengen. Daher liegt ein Schwerpunkt von INF-MS Aufgaben in der Entwicklung von Tools zur Analyse von NGS-Daten. Nicht das Assembly sondern eine automatisierte Lokus-basierte Analyse der assemblierten Contigs ist dabei das Ziel. Dadurch soll ein detailliertes „patho-profiling“ eines jeden sequenzierten Isolats erreicht werden. Weiterhin ein Schwerpunkt des TPs bleibt die gezielte Nachwuchsförderung durch Ausrichtung von Seminaren und Workshops zu aktuellen Themen (u.a. zu SNP und NGS). Am Ende des Projekts soll eine Software programmiert werden, welche alle FBI-Zoo Daten unter einer einheitlichen Benutzeroberfläche versammelt. Da diese Software u.a. an alle FBI-Zoo Teilnehmer ausgeliefert werden wird, soll die Nachhaltigkeit des Gesamtprojekts deutlich gesteigert werden.


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